早在咸豐十年湘軍便軍餉緊張。曾國藩時任兩江總督，為解決軍餉問題，奏請將江西的漕折、厘金等用于湘軍的軍餉，此奏得到清廷批準。為此，日益引起江西巡撫沈葆楨的不滿。
同治二年三月，已擢升江西廣饒九南兵備道、署九江關監督的蔡錦青，鑒于軍餉需求巨大，竭力擴充稅源，奏請將鹽、茶、竹、木四項統征關稅，獲準后，并于三月二十日正式起征。曾國藩急忙申請將該項稅收撥給自己的部隊，清廷同意了，沈葆楨卻有意見了，緊跟著上奏反對，愣是把所有稅銀給扣留下來。曾國藩為免傷了彼此和氣，轉而在六月奏請每月撥九江關洋稅3萬兩，支持其軍隊所需，但當時江西形勢也不樂觀，沈葆楨再度上奏反對曾國藩，要求將稅銀先供援軍退敵之用。清廷這下也犯難，只好下旨要求九江關酌撥分解，將這一燙手的山芋扔給了蔡錦青。
蔡錦青夾在曾國藩和沈葆楨兩位頂頭上司之間，置身爭執局面也很為難。但他不能不奉旨操辦，于八月撥出3萬兩供應江忠義、席寶田兩軍，而撥1萬5千兩給曾國藩。沒想到，沈葆楨聞知怒不可遏，嚴厲斥責蔡錦青專斷擅行，未獲其批準而自作主張。
蔡錦青滿腹委屈，一邊以私信和曾國藩言明實情，一邊稱病向沈葆楨請求辭官。曾國藩以密函回復安慰蔡錦青，還充當和事佬兩度致函沈葆楨解釋蔡錦青并無徇私，希望勸其留任。
復興御窯 云南立功
饒州府浮梁縣的景德鎮是清代的四大名鎮之一，素有“瓷都”美譽。同治三年，清廷為給同治皇帝準備新婚瓷器，便責成蔡錦青實地調查景德鎮御窯生產情況。
早在咸豐五年，景德鎮因為局勢動蕩，官民窯廠瓷樣毀缺，在廠工匠逃亡無數。蔡錦青到當地后，據實奏明“景德鎮人心恐震，工匠紛紛遷徙，均未復業，一時難以召集”。次年，欽差大臣李鴻章奉旨籌集白銀13萬兩，交由蔡錦青負責在御窯舊址興建廠舍72間，于同治四年重新恢復御窯燒造，并為同治皇帝婚禮燒制御瓷。其后，蔡錦青簡放云南分巡迤東兵備道，駐扎尋甸州城，后因為軍功賞戴花翎、穿黃馬褂，賜號奇車伯巴圖魯，調補云南分巡迤南兵備道，駐扎普洱府城。
同治十二年八月，經云南巡撫岑毓英奏請，蔡錦青兼署糧儲道印務事，并在當年的云南癸酉科帶補辛西科鄉試中，奉命充提調監試官。十二月，蔡錦青由于俸滿調取，需進京赴部引見。至次年春季，入朝覲見完畢，欽加布政使銜（從二品），誥授資政大夫（正二品）。
